Năm 1998 Gioan Phaolô II đã tuyên thánh tử đạo cho Tổng Giám mục Alojzije Viktor Stepinac (đứng ở ngoài cùng bên phải, ảnh chụp năm 1944). Hành động này đã gây nhiều chỉ trích vì Stepinac là một người ủng hộ lực lượng thân phát xít Ustaše và có dính líu đến việc tàn sát người Serbia theo đạo Chính thống cũng như cưỡng bách họ đi theo Công giáo.

Giáo hoàng Gioan Phaolô II đã nhận phải nhiều sự chỉ trích[119] về quan điểm của ông về phụ nữ, về việc ngừa thai, kế hoạch hóa gia đình, về sự ủng hộ của ông dành cho Công đồng Vaticanô II và các cải cách của nó về thánh lễ, cũng như lập trường của ông về tính thiêng liêng của việc kết hôn.[120][121]

Bê bối tình dục trong hàng ngũ giáo sĩ

Giáo hoàng Gioan Phaolô II cũng bị chỉ trích trong việc phản ứng chậm chạp trước các vụ án xâm hại tình dục trong giới chức sắc Công giáo. Trước các cáo buộc này, Giáo hoàng đã lên tiếng trấn an: "Sẽ không có bất cứ chỗ nào trong hàng ngũ giáo sĩ cũng như religious life dành cho những kẻ đã xâm hại giới trẻ".[cần dẫn nguồn] Sau đó Giáo hội đã thực thi những cải cách trong hàng ngũ giáo phẩm của mình nhằm ngăn chặn tệ đoan xâm hại tình dục trong tương lai, tỉ như yêu cầu tra xét kỹ lưỡng thân thế các chức sắc trong giáo hội khi tuyển dụng[cần dẫn nguồn] và, vì phần lớn các nạn nhân là trẻ em trai vị thành niên, những nam chức sắc có thiên hướng hoạt tình dục đồng giới biểu lộ sâu sắc sẽ bị cấm được thụ phong.[cần dẫn nguồn] Đồng thời các giáo khu dính líu tới những cáo buộc sẽ phải báo cáo chính quyền sở tại và tổ chức các cuộc điều tra nhằm loại bỏ những người phạm tội ra khỏi hàng ngũ chức sắc.[122] Năm 2008, Giáo hội thừa nhận các bê bối tình dục này là vấn đề cực kì nghiêm trọng như cho rằng những người phạm tội theo ước tính chỉ không quá một phần trăm trong tổng số 500.000 chức sắc Công giáo trên toàn thế giới.[cần dẫn nguồn]

Chỉ trích về lập trường ủng hộ Opus Dei

Giáo hoàng Gioan Phaolô II đã bị chỉ trích vì lập trường ủng hộ của ông đối với tổ chức Opus Dei và việc tuyên thánh cho người sáng lập nó, Josemaría Escrivá, vào năm 2002, và Giáo hoàng đã gọi ông này là "vị thánh của đời thường".[cần dẫn nguồn] Một số phong trào và tổ chức tôn giáo của Giáo hội thuộc quyền kiểm soát của ông (Binh đoàn của Chúa, Con đường Tân tòng, Phong trào Schönstatt, Phong trào Lôi cuốn, vv.) và ông đã bị cáo buộc là không cai quản nghiêm khắc các tổ chức này, nhất là trong trường hợp của Giám mục Marcial Maciel, người sáng lập tổ chức Binh đoàn của Chúa.[123] Năm 1984 Giáo hoàng đã bổ nhiệm Joaquín Navarro-Valls, một thành viên của Opus Dei, làm Chủ nhiệm Cơ quan Báo chí Tòa thánh Vatican (Sala Stampa della Santa Sede). Ngay cả một người phát ngôn của Opus Dei đã nói rằng "ảnh hưởng của Opus Dei trong Vatican đã bị phóng đại."[124] Trong gần 200 Giám mục của Giáo hội Công giáo Rôma, chỉ có hai Giám mục được biết đến là thành viên của Opus Dei.[125]

Chỉ trích về việc tiếp cựu thủ tướng Ý Giulio Andreotti

Ngày 14 tháng 12 năm 1995, ngay tại Vương cung thánh đường Thánh Phêrô, một sinh viên đã lớn tiếng mắng nhiếc Giáo hoàng Gioan Phaolô II về việc ông tiếp cựu thủ tưởng Giulio Andreotti, người bị Tòa án quy kết là dính líu sâu sắc đến giới Mafia Ý, và cho rằng anh ta không hiểu tại sao một người như Andreotti lại được cho phép xuất hiện trong Tòa thánh. Một số ý kiến đã nhận định rằng việc này chứng minh Giáo hội Công giáo Rôma đã dính líu đến giới chính trị gia. Về phía mình, Vatican không có bình luận gì về vụ việc trên.[126]

Kế hoạch hóa gia đình, phá thai và binh đẳng giới

Như đã đề cập, Giáo hoàng Gioan Phaolô II có lập trường bảo vệ các quan điểm truyền thống của giáo hội Công giáo Rôma về thể hiện giới tính, thiên hướng tình dục, cái chết êm dịu, kiểm soát sinh sản và phá thai. Nhiều người chỉ trích Giáo hoàng vẫn còn giữ quan điểm bảo thủ về việc không cho nữ giới tham gia các vị trí cao cấp trong giáo hội.

Aisha Taylor đã nhận xét về vấn đề này như sau

“	Di sản của giáo hoàng Gioan Phaolô II rất mạnh mẽ và phi thường, tuy nhiên nó lại thiếu nhất quán một cách đau đớn. Sự thiếu nhất quán này nằm trong những lời dạy và hành động của ông ta về nhân phẩm của phụ nữ. Gioan Phaolô II kêu gọi phụ nữ nên được tham gia vào vai trò là người ra quyết định trong các chính quyền thế tục; tuy nhiên khi đề cập đến vấn đề phụ nữ nên được tham gia vào vai trò người ra quyết định trong các cơ quan của Giáo hội, thì ông ta lại đóng sầm cánh cửa lại trước mặt chúng ta, không cho chúng ta được thụ phong và khóa chặt cánh cửa này khi nói rằng mọi thảo luận về việc thụ phong cho nữ giới đã kết thúc.	”
—  Aisha Taylor (Women's Ordination Conference 2005)[127]

Frank Zindler, một tư tưởng gia nổi tiếng theo chủ nghĩa vô thần đã đưa ra những chỉ trích gay gắt về Giáo hoàng Gioan Phaolô II và giáo hội Công giáo Rôma về các chính sách kiệm soát sinh sản và so sánh Giáo hoàng với Hitler:

“	Trong khi Hitler mang tội ác về việc diệt chủng một nhóm người, Gioan Phaolô II sẽ bị kết tội về mưu tính diệt chùng toàn bộ nhân loại. Trong 100 năm tiếp theo từ thời điểm này, ít nhất 1 triệu người sẽ chịu đau khổ và chết chóc kéo dài vì chính sách chống đối của Gioan Phaolô II trước việc kế hoạch hóa gia đình, triệt sản, và phá thai. Người ta sẽ nhớ rằng Giáo hoàng đi đến châu Phi và châu Mỹ để vận động người dân sinh đẻ thêm nhiều đứa trẻ vô tội mà trong tương lai chúng sẽ chết đói. Gioan Phaolô sẽ được ghi nhớ như là người đã làm tăng thêm sự đau khổ của con người hơn ai hết trong toàn bộ lịch sử của nhân loại văn minh. Giáo hội Công giáo Rôma đã giết hại hơn 11 triệu người trong các tòa án Dị giáo, nhưng Gioan Phaolô II sẽ giết nhiều người hơn thế trong toàn bộ cuộc đời của ông ta. Cái thế lực khủng khiếp của sự diệt chủng mà ông ta đã thiết lập sẽ tiếp tục giết hại và nghiền nát Trái Đất này thêm một thời gian lâu nữa trong tương lai.	”
— Frank Zindler, [128]

Trong chuyến tông du tại Hoa Kỳ năm 1987, Giáo hoàng Gioan Phaolô II trở thành tâm điểm chỉ trích dữ dội của các tổ chức nữ quyền. Trong một cuộc biểu tình xảy ra tại California, một phụ nữ đã giả dạng làm một bà mẹ mang thai, tay cầm ba con búp bê và dải băng ghi dòng chữ "Tử cung của tôi, tài sản của Vatican."[129]

Quan điểm bảo thủ về đồng tính luyến ái

Nhiều nhà hoạt động xã hội bảo vệ cho những người đồng tính luyến ái đã chỉ trích Giáo hoàng vì ông giữ quan điểm chống lại đồng tính luyến ái cũng như hôn nhân đồng giới. Giáo hoàng đã từng phát biểu rằng đồng tính luyến ái là một sự "rối loạn" và trong tác phẩm Memory and Identity Gioan Phaolô II đã miêu tả các gia đình đồng tính là "ý thức hệ tội lỗi",[130] những điều này đã gây phẫn nộ cho nhiều thành viên trong cộng đồng những người đồng tính và hoán tính.[131] Trong chuyến tông du tại Hoa Kỳ năm 1993, một cuộc biểu tình đã nổ ra nhằm phản đối tư tưởng kỳ thị đồng tính luyến ái của Giáo hoàng. Những người biểu tình đã mô tả Gioan Phaolô II là "kẻ kì thị đồng tính luyến ái lớn nhất quả đất", đồng thời lên án Giáo hội Công giáo phạm các tội về kì thị giới tính, kì thị người đồng tính và lạm dụng quyền lực.[132]

Trong một nhận xét đăng trên tờ The Advocate vào năm 2000 về một bài diễn thuyết của Gioan Phaolô II, Michelangeo Signorile đã bình phẩm:

“	...một bài nói chuyện mang thuần tính thù ghét - một tư tưởng kỳ thị đồng tính luyến ái hạng A và một niềm tin mù quáng che đậy trong cái vỏ bọc thần học tôn giáo... bằng cách sử dụng những từ ngữ đó một cách quá dữ dội và quá công khai, ông ta [Gioan Phaolô II] đã để lộ cho cả thế giới thấy rằng mình là một kẻ chứa đầy lòng thù ghét và có rất ít sự quan tâm đến thái độ phân biệt đối xử và những sự đau khổ mà ông ta gây ra cho con người... giáo hoàng là một kẻ mang lại sự thù ghét một cách độc địa.	”
— Michelangeo Signorile, [132]

Tôn giáo và AIDS

Giáo hoàng Gioan Phaolô II phản đối quan điểm cho rằng nên dùng bao cao su trong việc phòng chống HIV[121] mà chỉ nên sử dụng các biện pháp tuyên truyền giáo dục về tầm quan trọng của mạng sống cũng như việc sinh hoạt tình dục điều độ và có ý thức.[133] Điều này đã vấp phải sự chỉ trích kịch liệt từ giới y khoa và những nhà hoạt động xã hội về lĩnh vực bệnh AIDS, những người này cho rằng quan điểm của Giáo hoàng sẽ gây ra cái chết cho hàng triệu người và khiến hàng triệu người mồ côi vì bệnh AIDS.[134][135] Những người chỉ trích còn cho rằng các gia đình quá đông con là nguyên nhân của việc thiếu kế hoạch hóa gia đình và làm tăng thêm sự nghèo khó ở các nước thế giới thứ ba cũng như các vấn nạn khác, ví dụ nạn trẻ em đường phố ở Nam Phi. Trước các chỉ trích này, Cơ quan Công giáo về Phát triển Hải ngoại (CAFOD - Catholic Agency for Overseas Development) đã xuất bản một bài báo thừa nhận chuyện quan hệ tình dục trong nhiều trường hợp là chẳng đặng đừng, và nói rằng bất cứ những biện pháp nào giúp người dân có thể giảm thiểu nguy cơ mang bệnh qua đường tình dục đều đáng được sử dụng.[cần dẫn nguồn]

Chuyên quyền độc đoán

Gioan Phaolô II bị chỉ trích là đã cố gắng tập trung quyền lực lại về cơ quan trung ương ở Vatican, trái ngược với một số chính sách phân quyền do Giáo hoàng Gioan XXIII chủ xướng và cản trở tiến trình dân chủ hóa giáo hội[53]. Việc này một phần thể hiện trong sự thiên kiến của Gioan Phaolô II trong việc bổ nhiệm các Giám mục khi 232 Hồng y và hơn 3.300 Giám mục do Giáo hoàng bổ nhiệm phần nhiều có tư tưởng bảo thủ gần giống như ông; và phần lớn số Hồng y trong 114 người thuộc Mật nghị bầu cử nên Biển Đức XVI là do chính Gioan Phaolô II bổ nhiệm[136][137]. Ngoài ra, dưới tư cách cá nhân hay trong các cuộc hội nghị, các chức sắc Giáo hội cũng ít có cơ hội được tranh biện hay chống đối các chính sách của Giáo hoàng và phe cánh của ông ta nếu không muốn đứng trước nguy cơ mất chức[136]. Vì vậy Gioan Phaolô II bị một số ý kiến chỉ trích là độc đoán, chuyên quyền.[137]

“	Tháng 6 năm 1995, mười hai Giám mục (với sự ủng hộ của bốn mươi Giám mục khác vốn đồng tình với đề xuất của họ nhưng không ký tên vào bản kiến nghị) khi đề xuất mười lăm vấn đề khẩn cấp cần phải giải quyết trước một hội nghị các Giám mục, [họ] đã quá sợ hãi trước sự hăm dọa của Vatican đến nỗi không dám thảo luận......Khi một Giám mục hành động ngược lại với ý muốn của Giáo hoàng, ông ta đứng trước nguy cơ chịu số phận của Tổng Giám mục Raymond Hunthausen cai quản xứ Seatte. Khi ông ta [Hunthausen] cho phép Dignity, một tổ chức của giáo dân Công giáo đồng tính luyến ái Hoa Kỳ, cử hành thánh lễ trong giáo đường của ông, thành La Mã đã phản ứng ngay. Chỉ trong vòng một năm, Vatican đã bổ nhiệm Giám mục phó Donald Wuerl vào địa phận thuộc quyền cai quản của tổng Giám mục [Hunthausen]. Giám mục Wuerl đã được giao đặc quyền xử lý những sự vụ trong các giáo khu mà La Mã nghi ngờ nằm dưới sự ảnh hưởng của Hunthausen. Tổng Giám mục không bao giờ chê trách về việc quyền lực của ông bị bí mật hạn chế như vậy, nhưng ông đã bị tổn thương sâu sắc và cuối cùng đã công khai than phiền. Mặc dù nhiều Giám mục đồng nghiệp đã đồng ý với Hunthausen, La Mã đã gạt bỏ [ông ta] nhân danh sự nhất thống trong Công giáo và địa vị đứng đầu của Giáo hoàng. Năm năm sau, tháng 8 năm 1991, vị giáo sĩ đáng kính mến, người dám công khai phản đối các biện pháp tiến hành chiến tranh thời hiện đại, và là người có xúc cảm của vị chăn chiên lan tỏa khắp giáo xứ của ông ta, đã phải "nghỉ hưu". Ông ta trở thành nạn nhân của cái liên minh của các thành viên Công giáo bảo thủ trong cộng đồng của ông ta và những kẻ cùng ý thức hệ trong Vatican.	”
— Robert Willis, [136]

Các chương trình xã hội

Bị cáo buộc là người mê tín dị đoan

Học giả Joseph L. Daleiden đã chê trách Giáo hoàng còn tin vào những tín điều mê tín dị đoan mà ngày nay ít ai còn tin:

“	Giáo hoàng Gioan Phaolô II tin vào nhiều điều mê tín dị đoan mà nhiều người Công giáo hiện nay cảm thấy xấu hổ. Mới đây, trong ba bài thuyết giảng ông ta vẫn còn nói rằng mỗi người có trong mình ít nhất 3 thiên thần hộ mệnh và giải thích nhiều vai trò của các thiên thần trên thiên đường. Giáo hoàng đã hét vào mặt thính giả: "Hãy coi chừng lũ quỹ dữ !". Ông ta tin rằng quỷ Sa tăng xuất hiện trong hình hài của một con sư tử, một con rắn, một con rồng hay một con dê có sừng.	”
— [138]

Chỉ trích từ giới Kitô giáo bảo thủ

Trong khi những người cấp tiến chỉ trích sự bảo thủ của Giáo hoàng, những tín đồ Công giáo bảo thủ lại chỉ trích những biện pháp cấp tiến của Gioan Phaolô II. Một trong những chỉ trích của nhóm bảo thủ có nội dung yêu cầu Giáo hoàng phục hồi Thánh lễ Công đồng Trent[139] và hủy bỏ các cải cách thực hiện sau Công đồng Vaticanô II tỉ như việc sử dụng các ngôn ngữ bản địa thay thế cho tiếng La Tinh trong các nghi lễ nhà thờ La Mã, phong trào Đại Kết, và các nguyên lý về tự do tôn giáo. Ông cũng bị phe bảo thủ chỉ trích vì đã bổ nhiệm các Giám mục có tư tưởng tự do và làm ngơ cho họ tuyên truyền các tư tưởng đổi mới, cấp tiến, những tư tưởng này từng bị giáo hoàng Piô X chỉ trích là "sự tổng hợp của mọi tư tưởng dị giáo". Năm 1988, Tổng Giám mục theo tư tưởng bảo thủ Marcel Lefebvre, người sáng lập Hội Thánh Piô X vào năm 1970, đã bị Gioan Phaolô II tuyệt thông vì đã phản đối việc Vatican thụ phong cho 4 Giám mục - hành động này bị tòa thánh cáo buộc là "ly giáo".

Khi Giáo hoàng cầu nguyện với các tín đồ Thiên chúa Giáo[140] trong Ngày Thế giới Cầu nguyện cho Hòa bình[141] tổ chức tại Assisi, Ý vào năm 1986, sự kiện này bị chỉ trích là gây nên ấn tượng rằng thuyết hổ lốn và chủ nghĩa trung lập tôn giáo được công khai thừa nhận bởi Tòa thánh. Khi Ngày Thế giới Cầu nguyện cho Hòa binh tiếp tục được tổ chức vào năm 2002[142], sự kiện này lại bị chỉ trích là lẫn lộn với các yếu tố thế tục và thỏa hiệp với các "tôn giáo giả tạo". Việc Giáo hoàng hôn cuốn kinh Koran[143] tại Damascus, Syria trong một chuyến tông du ngày 6 tháng 5 năm 2001 cũng bị chỉ trích. Chủ trương tự do tôn giáo của Gioan Phaolô II cũng bị một số ý kiến chỉ trích, tỉ như trong khi các Giám mục như Antônio de Castro Mayer ủng hộ hòa hợp tôn giáo nhưng mặt khác cũng phủ nhận các nguyên tắc của Công đồng Vaticanô II về tự do tôn giáo mà Giáo hoàng Piô IX đã chỉ trích trong tác phẩm Syllabus errorum’ năm 1864 và trong Công đồng Vaticanô I.[144]

Vì các lý do trên, một số giới chức Công giáo bảo thủ đã phản đối việc Gioan Phaolô II được phong chân phước.[145]

Ian Paisley

Năm 1988, khi Giáo hoàng Gioan Phaolô II đang diễn thuyết trước nghị viện châu Âu thì nhà lãnh đạo tương lai của Đảng Dân chủ Hợp nhất Bắc Ailen và là Chủ tịch Đại hội đồng Trưởng lão của Giáo hội Trưởng lão Tự do Ulster, Ian Paisley, bất thình lình hét lên: "Tôi tố cáo ông là kẻ phản kitô!"[146] và giơ cao biểu ngữ ghi dòng chữ "Giáo hoàng Gioan Phaolô II KẺ PHẢN KITÔ" ("Pope John Paul II ANTICHRIST"). Cựu thái tử Otto von Habsburg, người đứng đầu gia tộc Habsburg của đế quốc Áo – Hung cũ, vội vàng giật biểu ngữ này xuống và cùng với các nghi viên khác lật đật lôi cổ Paisley ra khỏi nơi diễn thuyết.[147][148][149][150] Sau khi Paisley được "tiễn" khỏi hội trường, Giáo hoàng tiếp tục bài diễn thuyết của mình.[147][151][152]